近日，我校“山东省生物物理重点实验室”和“深圳湾实验室”的王吉华教授、周耀旗教授和周百灵副教授带领团队在《核酸研究》（Nucleic Acids Research，影响因子14.9）上发表了题为“EVLncRNAs 3.0: an updated comprehensive database for manually curated functional long non-coding RNAs validated by low-throughput experiments”的文章，构建了国际上实验证实功能性长非编码RNA（lncRNA）的最全面数据资源库，为lncRNA的研究奠定了基础，对于深入认识lncRNA在多种疾病中的作用及其作为潜在治疗靶标的发现具有重要意义。
lncRNA是当前生命科学前沿研究热点，是一类在生物体中发现的长度大于200nt的非编码RNA分子，在表观遗传调控、细胞周期调控和细胞分化调控等众多生命活动中发挥重要作用，具有重要的生物功能，与癌症、老年痴呆、自闭症等人类许多重要疾病的发生、发展密切相关，对生命过程和疾病的机理研究至关重要，对疾病新的生物标记物和药物靶点的发现具有重要实际意义。尽管近年来其相关重要研究成果不断涌现，但这仅仅是lncRNA世界的冰山一角。lncRNA数据资源库的建设是推动该领域发展的重要基础，从日益增长的每年近万篇出版物中挖掘散落在文献海洋中的数据信息，建设一个国际上权威可靠、实时更新的功能性lncRNA综合数据库既迫切需要又十分重要，工作量艰巨，需要持续不断地更新优化，更需要不断地创新发展。该团队成员多年如一日，攻坚克难，在国际上率先建立了最全的功能性lncRNA综合数据库EVLncRNAs，首个版本于2018年发表在《核酸研究》(Nucleic Acids Research)上，又经过3年多持续努力，2021年在《核酸研究》(Nucleic Acids Research)上发布了升级版2.0版本。数据库已被60多个国家的研究人员访问两万三千余次，论文被国内外科研人员引用100多次，已成为全球研究者广泛访问和引用的实验证实的lncRNA数据资源。本次新版本EVLncRNAs 3.0是在2.0版本的基础上进行了全面更新，前后组织了三十多人的研究团队，历经3年多潜心研究，综合运用多种手段持续不断挖掘功能性lncRNA，用人工的方式从25000多篇文献中提取功能数据信息、并整合近10个数据库相关数据信息建立起来的，是目前国际上功能性lncRNA最全的数据资源库，该版本为lncRNA研究者和应用开发者提供了一个更加全面、更强大的功能性lncRNA数据信息集合，可从全局角度窥视已发现功能性lncRNA的全貌，这对于新的lncRNA的发现、新功能探索以及深入认识这些分子的生物学功能和潜在的临床应用均具有不可估量的重要价值。
图1 EVLncRNAs 3.0数据库主页
EVLncRNAs 3.0数据库收集并整合了6195个通过低通量实验验证的lncRNA，覆盖了162个物种和1726种疾病相关的数据。与2.0版本相比，3.0版本中功能性lncRNA增加154%，相关疾病增加160%，lncRNA-疾病关联增加186%，相互作用增加235%，结构增加138%，环状RNA增加234%，耐药lncRNA增加235%，外泌体lncRNA增加4724%。更重要的是，它纳入了包括功能分类、详细的相互作用途径、同源lncRNA、lncRNA位置、COVID-19、相分离和类器官相关的lncRNA数据信息。网页界面在浏览、可视化和搜索方面得到了实质性的优化改进。本研究还尝试用ChatGPT进行lncRNA相关信息提取和功能概述测试，并指出了其局限性。EVLncRNAs 3.0是揭示新兴lncRNA功能不可或缺的重要数据资源库。
审稿人认为，EVLncRNAs 3.0数据库的更新不仅扩充了内容，还增加了许多新功能，并通过用户友好的在线网页，将EVLncRNAs打造成了一个各物种实验验证功能性lncRNA的集大成者，为lncRNA的研究提供了宝贵的综合信息资源。更新后的数据库可在https://www.sdklab-biophysics-dzu. net/EVLncRNAs3/免费获得。
基于EVLncRNAs 3.0数据库第一手数据，本团队对lncRNA进行了初步挖掘分析，全面分析了lncRNA与不同物种、疾病以及其相互作用因子之间的关联，为理解lncRNA的功能提供了宏观全局视角。
图2 EVLncRNAs 3.0建设一览
这项工作是在王吉华教授、周百灵副教授的带领下完成的，王吉华教授为该文章通讯作者。第一作者是青年教师周百灵副教授，季保华副教授为文章并列第一作者。深圳湾实验室资深研究员、我校特聘兼职教授周耀旗博士是共同通讯作者。中山大学的杨跃东教授、赵慧英教授，我校10多位青年教师，以及30多名本科生和研究生共同参与了部分工作。该项研究得到了国家自然科学基金、山东省高校青创人才引育计划和山东省自然科学基金等项目的资助。
(作者: 周百灵 供稿审核人:于家峰）
文章链接：
EVLncRNAs 3.0主页：https://www.sdklab-biophysics-dzu.net/EVLncRNAs3/